Em Março de 2003, foram lançados os primeiros jogos da Terceira Geração, mais conhecida pelos jogadores como Geração Advance, já que seus RPGs Originais eram feitos para o portátil Game Boy Advance: Pokémon Ruby & Sapphire, que ultrapassaram as 3,1 milhões de unidades vendidas, sendo assim os mais comercializados no Japão em 2002 traziam 135 novos Pokémon, mas era impossível transferir Pokémon de Gerações anteriores para os jogos, pois o treinamento deles em Pokémon Ruby & Sapphire se baseava em um outro sistema, o de Effort Values (Valores de Esforço), pontos que, ao serem bem calculados e distribuídos ao Pokémon, deixavam-no mais forte que outros treinados sem esse método. Para conseguir alguns dos Pokémon antigos, Pokémon Ruby & Sapphire conectava-se com outros jogos de Terceira Geração, principalmente Pokémon Colosseum, um dos jogos do tipo plataforma daquela Geração.
Em 2004, Pokémon Red & Green ganharam remakes para o Game Boy Advance e foram lançados como Pokémon FireRed & LeafGreen. FireRed & LeafGreen voltava ao cenário dos primeiros jogos e refazia a jornada deles. Com isso, trazia a possibilidade de obtenção de todos os 150 primeiros e também um aspecto de nostalgia, sendo refeitos quase que exatamente como os primeiros jogos. Os remakes também traziam uma nova área para o mundo Pokémon: as Sevii Islands, onde era possível achar e capturar monstrinhos que eram nativos de Johto, palco dos jogos de Segunda Geração. Foram os jogos mais vendidos da Nintendo entre 2004 e 2005.
Os jogos do tipo plataforma tiveram uma atenção especial na Geração Advance, tendo dois jogos com modos nunca vistos na série Stadium. Pokémon Colosseum foi lançado em 2004 no Japão, junto com FireRed & LeafGreen, e foi o primeiro jogo de plataforma da série com um modo RPG. Este modo RPG trazia uma nova Região, conhecida como Orre, onde um garoto tinha que salvar Pokémon com uma aura maligna corroendo seus corações, denominados Shadow Pokémon (inglês para Pokémon Sombrio), e capturá-los de treinadores e membros de uma organização criminosa conhecida como Cipher. Em Colosseum, esse garoto tem que viajar por Orre ao lado de uma garota, a única pessoa que pode distinguir Pokémon normais dos Shadow Pokémon. Após capturá-los, ele tem que usá-los em batalhas para diminuir sua "barra de coração" (em inglês, Hearth Gauge) até o fim, possibilitando o Shadow Pokémon tornar-se novamente um Pokémon comum. Pokémon Colosseum foi dado como um grande jogo de Pokémon, embora desaconselhável para jogadores novatos. No ano seguinte, 2005, foi lançado Pokémon XD: Gale of Darkness, continuação direta de Colosseum, onde um novo herói tem que salvar Orre dos Cipher, que voltaram das sombras e se reorganizaram, criando um Shadow Pokémon que não poderia ser purificado, conhecido pelo codinome de XD001. Pokémon XD foi avaliado como uma versão melhorada de Colosseum, mas apresentava as mesmas falhas do antecessor. Ambos os jogos foram lançados para o Nintendo GameCube.
Em 2005, a Geração Advance termina com Pokémon Emerald. Emerald era uma versão complementar para Ruby & Sapphire e trazia novos recursos, como o retorno das animações dos Pokémon ao início das batalhas, conceito já usado em Pokémon Crystal, uma nova área repleta de desafios chamada Battle Frontier e também a possibilidade, através de eventos, de capturar Mew sem a necessidade de truques, como em Red, Blue e Yellow. Foi o segundo jogo mais vendido do Japão em 2005.
A Terceira Geração trouxe mais spin-offs à série, como Pokémon Pinball Ruby & Sapphire, um novo pinball de Pokémon, usando os 202 Pokémon presentes em Ruby & Sapphire e a compatibilidade com o acessório e-Reader, Pokémon Channel, um spin-off que simulava uma estação de televisão comandada por, e feita para, Pokémon, e Pokémon Box Ruby & Sapphire, avaliado mais como um organizador de Pokémon vindos de Ruby & Sapphire, FireRed & LeafGreen e Emerald, com capacidade de armazenamento de até 1.500 monstrinhos em um só cartão de memória.
Em 2004, Pokémon Red & Green ganharam remakes para o Game Boy Advance e foram lançados como Pokémon FireRed & LeafGreen. FireRed & LeafGreen voltava ao cenário dos primeiros jogos e refazia a jornada deles. Com isso, trazia a possibilidade de obtenção de todos os 150 primeiros e também um aspecto de nostalgia, sendo refeitos quase que exatamente como os primeiros jogos. Os remakes também traziam uma nova área para o mundo Pokémon: as Sevii Islands, onde era possível achar e capturar monstrinhos que eram nativos de Johto, palco dos jogos de Segunda Geração. Foram os jogos mais vendidos da Nintendo entre 2004 e 2005.
Os jogos do tipo plataforma tiveram uma atenção especial na Geração Advance, tendo dois jogos com modos nunca vistos na série Stadium. Pokémon Colosseum foi lançado em 2004 no Japão, junto com FireRed & LeafGreen, e foi o primeiro jogo de plataforma da série com um modo RPG. Este modo RPG trazia uma nova Região, conhecida como Orre, onde um garoto tinha que salvar Pokémon com uma aura maligna corroendo seus corações, denominados Shadow Pokémon (inglês para Pokémon Sombrio), e capturá-los de treinadores e membros de uma organização criminosa conhecida como Cipher. Em Colosseum, esse garoto tem que viajar por Orre ao lado de uma garota, a única pessoa que pode distinguir Pokémon normais dos Shadow Pokémon. Após capturá-los, ele tem que usá-los em batalhas para diminuir sua "barra de coração" (em inglês, Hearth Gauge) até o fim, possibilitando o Shadow Pokémon tornar-se novamente um Pokémon comum. Pokémon Colosseum foi dado como um grande jogo de Pokémon, embora desaconselhável para jogadores novatos. No ano seguinte, 2005, foi lançado Pokémon XD: Gale of Darkness, continuação direta de Colosseum, onde um novo herói tem que salvar Orre dos Cipher, que voltaram das sombras e se reorganizaram, criando um Shadow Pokémon que não poderia ser purificado, conhecido pelo codinome de XD001. Pokémon XD foi avaliado como uma versão melhorada de Colosseum, mas apresentava as mesmas falhas do antecessor. Ambos os jogos foram lançados para o Nintendo GameCube.
Em 2005, a Geração Advance termina com Pokémon Emerald. Emerald era uma versão complementar para Ruby & Sapphire e trazia novos recursos, como o retorno das animações dos Pokémon ao início das batalhas, conceito já usado em Pokémon Crystal, uma nova área repleta de desafios chamada Battle Frontier e também a possibilidade, através de eventos, de capturar Mew sem a necessidade de truques, como em Red, Blue e Yellow. Foi o segundo jogo mais vendido do Japão em 2005.
A Terceira Geração trouxe mais spin-offs à série, como Pokémon Pinball Ruby & Sapphire, um novo pinball de Pokémon, usando os 202 Pokémon presentes em Ruby & Sapphire e a compatibilidade com o acessório e-Reader, Pokémon Channel, um spin-off que simulava uma estação de televisão comandada por, e feita para, Pokémon, e Pokémon Box Ruby & Sapphire, avaliado mais como um organizador de Pokémon vindos de Ruby & Sapphire, FireRed & LeafGreen e Emerald, com capacidade de armazenamento de até 1.500 monstrinhos em um só cartão de memória.
